- 不同杀毒软件所拥有的版本内核、杀毒技术大不相同，同时进驻系统很易导致系统错误。目前，杀毒软件越来越多地深入系统底层实现监控，如果同时启动，会引发系统资源争夺。
- 安装两款或多款杀毒软件时，它们之间想的不是如何共同抵御病毒，而是‘攘外必先安内’。杀毒软件生产厂商往往制作了相关的应用插件，来防止与其他杀毒软件共同作用。
- 杀毒软件的病毒库不同，可能将对方的病毒库当作是病毒查杀，同时又彼此保护自己的病毒库。在这样的情况下，杀毒软件不能发挥原本的杀毒功能。而且，频繁地互杀，最终会导致系统不堪重负假死、死机或者蓝屏。
- 杀毒软件运行会占较大内存，多个杀毒软件同时运行，会造成CUP占用大，导致其它程序无法运行。
- 杀毒软件在服务中也会冲突。如金山毒霸和卡巴斯基，都叫名为KAV的文件，后装文件会覆盖先装文件。
- 一般的杀毒软件安装时会自行设置成系统服务，即使用户不主动打开，杀毒软件的一些功能也会运行，这样多款杀毒软件可能会冲突。
- 如果用户电脑上已安装有一个杀毒软件，在安装新的杀毒软件时，安装程序一般都会提示用户先将原有的杀毒软件卸载后才能顺利安装。这是因为不同厂商开发的杀毒软件很容易引起冲突。国外的杀毒厂商为了避免这种情况的发生，安装时会检测电脑中是否安装有其他杀毒软件，目前国内的杀毒软件安装时还没有这种提示。
- 在遇到因杀毒软件或其他原因造成电脑在启动时死机的时侯，可以通过以下的方法操作：
- 死机后重新启动计算机
- 重启并卸载一个或多个杀毒软件，只留下一个杀毒软件即可，操作如下：在进入桌面以前的那段时间不断点F8进入安全模式，进入安全模式以后就按照通常模式来卸载即可(进入控制面板---添加删除程序---卸载掉其中一个或多个就可以了)。
- 部分杀毒软件可以相互兼容：金山+nod32，先装NOD32，后装金山。装NOD32时，如果有金山防火墙，需要先关闭，开NOD32的防火墙;金山+卡巴，先装卡巴，后装金山，两个防火墙可以使用。
- 部分防流氓软件可以和部分杀毒软件兼容。例如，360安全卫士可以和卡巴斯基、NOD32、瑞星等大部分杀毒软件同时安装。
- 如果出现不能安装杀毒软件的情况，可能因为用户电脑已经感染了病毒，如AV终结者、“禽兽”病毒、“帕虫(worm.pabug)”等。“帕虫(worm.pabug)”病毒主要通过MP3(或者U盘)传播，会破坏几十种常用的杀毒软件，还会使QQ等常用程序无法运行。感染“帕虫”病毒，可以下载一个专杀工具：橙色八月 说明：链接见参考网站部分。如果无法下载，可以将橙色八月拷到u盘，插到电脑上进行安装杀毒。这样可以初步清除病毒，然后再安装杀毒软件进行杀毒。
- 尽量不要在电脑内安装多种杀毒软件，尤其不要同时运行多个杀毒软件和防火墙。
- 杀毒软件建议买正版，盗版的杀毒软件无法获得正常的病毒库升级支持，很多用户通过使用注册机和盗版注册码来注册软件，一旦这些手段被杀毒软件公司破解，就无法升级病毒库。
- 养成用磁盘结合杀毒软件光盘来彻底查杀病毒的习惯，因为很多新的病毒出现时，杀毒软件猝不及防，会自动被病毒关掉或者感染，已经失去了作用。如果还固执地使用染毒的杀毒软件来杀毒，就没有效果。多数的杀毒软件都采用特征扫描法检查病毒，一旦计算机内出现病毒代码库之外的病毒(不一定是新的)，那么杀毒软件也会视而不见，无动于衷。
- 即便装了杀毒软件，也要高度戒备，不要随意打开来路不明的网站、邮件。同时及时安装微软公司发布的安全补丁，系统漏洞还是要靠自身的补丁来订正，杀毒软件并不能从根本上修正系统缺陷。
为什么不可以装多个杀毒软件?面对互联网上每天层出不穷的新电脑病毒，现在的电脑用户们可谓“闻毒色变”。而各软件厂商们也乘势大行“杀毒”之道，推出了各式各样的杀毒软件。很多的电脑用户以为在多个杀毒软件的层层绞杀之下，电脑就能安全无忧，于是买回一大堆杀毒软件，统统装进了自己的电脑。但事实却是：还没等到电脑病毒发起进攻，电脑就已经倒在了各种杀毒软件的冲突之下。