这时，同治帝为八大胡同的风流一夜献出年轻的生命，脸上带着杨梅大疮和对清朝的无限担心永远离开了人世。生母慈禧顾不得为自己青年丧夫、中年丧子苦命而悲哀，用最快速度选定一个“合适”的皇位继承人。光绪帝甫一即位，中断的海、塞防之争又起。山西巡抚鲍源深上奏，陈明目前国家财力紧张，应停止西征、固守关塞。陕甘总督左宗棠马上反对，认为停兵节饷与投降无异，非但陇西不保，甚至危急北路的科布多和乌里雅苏台。大学士文祥亦支持左宗棠。
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海、塞防之争不断升级，总理衙门不久出台处理决定：一、筹建海军，加强海防，海防经费有限，难以筹措三洋海军，先以北洋试点;二、陕甘总督左宗棠长期屯兵西北，政绩卓着，是督办新疆军务的最佳人选;三、将海防筹饷作为第一要事，划拨粤海关、潮州关等地四成洋税和江、浙等省厘金，每年约四百万两白银。中国第一支近代海军诞生了!近代海、塞防之争的焦点并不在于是否建立一支现代化的海军，而在于当海陆危机同时出现时应丢卒保车还是二者兼顾。
海防主将李鸿章上折首先阐明海军与陆军之关系。中国陆地边境远远多于海疆，陆军乃立国根基。陆军改良必须配备洋枪、炮队。域外强敌多从海上进犯，因此必须训练一支强大水师。李鸿章提出了自己的海防法宝，一为“守定不动之法”，二是“挪移泛应之法”。关于海军经费，李鸿章认为只要分配合理，统一筹划，用有限的钱办有效的事依然可行。李鸿章再次强调海防之重要性。他认为，新疆完全可用招抚之法和平解决，即使一时不能解决也不要紧，如同人失去了一只手，虽痛苦却无大碍;然海防问题如不能解决，国家则面临颠覆的危险，如同人生了心脏病，不得一刻拖延。
清政府本拟委派李鸿章、沈葆桢二人会同办理海防事务，李鸿章负责北洋，沈葆桢负责南洋，这样既接近丁日昌的方案，又可限制李鸿章，不致海军大权集中于其一人手中。然沈葆桢不久离任南洋大臣，机遇与挑战再次眷顾了李鸿章。为早日同国际接轨，李鸿章奏请将清朝的三角龙旗改为三尺宽四尺长的长形国旗。不久，中国海军军舰上飘扬起庄重大方的长形国旗。
