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理番同知是专管熟番村社的特殊官署，不受台湾府之节制，所有民番交涉事宜，社饷、通事人选荐举、编查户口、组织保甲及派遣壮丁巡守隘寮等，皆属同知的管理范围。
1812年（嘉庆17年）新设噶玛兰厅，理番相关事务不再归理番同知，而由民番粮捕通判兼理；1875年（光绪元年），爲推行开山抚番政策，改北路理番同知为中路抚民理番同知，移置新设立的行政区埔里社厅，是为该厅长官；但仍驻在鹿港，仅派委员办理。南路改为南路抚民理番同知，移置新设立的行政区卑南厅，是为该厅长官。至此，原属直隶厅的理番同知被裁撤；1888年，番社一切事务移归各县办理。
在生番方面，清朝前期采消极政策，以封禁番界，防止汉番越界生事为要务，如设置隔离汉番的土牛沟、设隘防守等。及至同治年间，相继发生美国商船罗发号之船员因触礁在琅峤登陆为生番所杀害，及琉球渔民被牡丹社杀害，引发国际事件，钦差大臣沈葆桢奉命来台主持防务，奏请「开山抚番」，而使台湾长期之封山禁垦，一夕废除。
中文关键字： 蒋毓英 , 海防同知 , 民番粮捕通判 , 南路理番同知 , 北路理番同知
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