1964年毕业，适逢美国耶鲁大学张光直教授返台主持大坌坑、凤鼻头等遗址的考古发掘计画，黄先生直接申请担任该计画的专任助理。1965年他改任台大考古人类学系的助教；1969年升等讲师；1977年升副教授；1984年升为教授。至他2000年退休，黄士强先生在台大人类学系已执教了近三十五年的时间。
黄士强先生对於台湾考古学界的贡献良多，除了栽培出许多优秀学生之外，更重要的是他主持过很多研究计画，发表了许多论着，研究足迹踏台湾各地，研究过的遗址无法计数。他所主持过的计画较着名者包括：「全省重要史蹟勘察与整修建议 ─ 考古遗址与旧社部分」(1980)、「台北芝山岩遗址发掘计画」(1984)、「东河地区遗址试掘及史前文化重建」(1990)、「第一级古蹟圆山遗址范围试掘评估」(1992)、「圆山遗址史蹟公园范围区考古发掘研究计画」(1999)等。