为回应原住民社会之需求，行政院於民国85年间，即筹备成立中央部会级机关，以专责办理原住民事务，并於筹备期间研订机关组织条例草案，用为机关成立之法源依据。同年11月1日，立法院审议通过「行政院原住民委员会组织条例」，行政院并於同年12月10日即正式成立「行政院原住民委员会」，专责统筹规划原住民事务。
为因应台湾省政府功能业务与组织调整，原台湾省政府原住民事务委员会经裁撤，自民国88年7月1日起归并行政院原住民委员会，并於中兴新村设置中部办公室；前台湾省政府原住民事务委员会所属文化园区管理处亦同时改隶行政院原住民委员会。民国91年1月4日，立法院审议通过本会组织条例部分条文修正案，行政院原住民委员会机关名称并於同年3月25日正式更改为「行政院原住民族委员会」，社会福利处更改为「卫生福利处」、经济暨土地发展处调整变更为「经济及公共建设处」与 「土地管理处」二处。
行政院原住民族委员会由1位主任委员、3位副主任委员召开委员会议，组织目前设有五处（企划处、教育文化处、卫生福利处、经济及公共建设处、土地管理处），三室（秘书室、人事室、会计室），一局（文化园区管理局），及东埔活动中心；另有国会联络组及法规委员会等两个任务编组单位。
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