一、潮上区：本区内阳光直射、四季温差大，环境相当恶劣，是个极乾燥的地带，生物亦不多，常见的生物有海蟑螂、蓝绿藻等。
二、礁岩区：本区多为珊瑚隆起与岩石所形成，为动植物最繁盛的地方，以藻类、底栖性软体动物、节肢动物等最多。
三、潮池区：本区为退潮後，在低洼地区积水的小池称为「潮池」，其面积有大有小，深浅不一，愈接近潮线，生物相愈丰富，常出现寄居蟹、黑海参、荡皮参、海胆等生物。
四、泥沙区：是砂岸环境相当差的区域，以枪虾、飞白枫海星、二枚贝、蟹守螺等生物居多。
五、珊瑚区：本区是以珊瑚而形成的生态体系，也是澎湖海域最重要的生物资源，最常见的有轴孔、表孔、雀屏、盘、菊珊瑚等。
六、湿地区：广大的潮间带及退潮时所裸露的泥质滩地，是澎湖湿地特色所在，海岸湿地大多是弹涂鱼、招潮蟹等生物出没之地。