台湾创建最早的两间天后宫－－澎湖天后宫、台南府城大天后宫，都与清代征台大将军施琅有关，《澎湖纪略》记载了康熙年间清军征台的神显事蹟：「征澎湖，恍有神兵导引，後屯兵妈宫澳，靖海侯施琅谒庙，见神衣袍半湿，脸汗未乾，始悟实邀神助。……及琅率舟师入鹿耳门，复见神兵前导，海潮骤涨。表上其异，特遣礼部致祭，敕建神祠於原籍，纪功加封天后」。影响所及，康熙年间天后祀典进一步纳入官方群祀一类，成为御灾扞患诸神祠，雍正年间再诏告临江海各省，皆须建祠致祭的规定。台湾百姓多自闽、粤移民而来，妈祖也成为沿海地区最受普遍信仰的神明，每年农历3月间的迎妈祖进香活动，盛况热闹非凡。
台湾的妈祖庙以明代创建的澎湖天妃宫、台南府城大天后宫历史最久，其它像是大甲镇澜宫、北港朝天宫、新港奉天宫等，也是信徒人数众多、香火鼎盛。其中，台南大天后宫为明郑时期由宁靖王府邸舍改建而成，庙宇前临台江内海而立，建物进深高广迥异平常，极具规模。除以三川殿、正殿、圣父母厅为祭祀主轴外，庙右另有三宝殿、观音殿的设置。庙中建筑装饰最富吸引力，尤以清代中叶以前的石刻作品为代表，各式龙柱、门枕石及壁堵石刻等，典雅古拙、简洁遒劲。另外，近代台南名家彩画，如潘丽水、李汉卿、陈玉峰、陈寿彝等人作品亦成一绝，可惜受香火烟燻影响，受损严重。大天后宫因其地位曾获御赐匾额无数，例如雍正年间因「妈祖涌潮济师事」，而与厦门、湄洲神祠同获「神昭海表」御匾殊荣。
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