三坑车站的设计，利用原有的涵洞通道做为车站的出入口，两旁的道路极狭，很难找到适合的拍摄点。车站前没有所谓的广场或接驳区，狭小的巷道里，无法在此设立计程车的排班区。由涵洞旁的人行道进入，即可抵达三坑车站的「大门」，这人行通道也是非常狭小，仅容一人行。
车站大厅腹地有限，但厕所、值班站长室、售票机、列车资讯板、验票机，一应俱全。三坑站有3个验票闸门，2个为自动，1个为人工，售票机就在闸门旁边，出了闸门就是月台，动线非常简单。
三坑车站只有一座岛式月台，左边是南下，右边北上，简单明了。月台层大部份的范围均有雨棚，棚顶造形是半圆弧形，棚顶材质由深灰色的钢铁构成，搭配浅灰色的圆柱，让质感加分。