1964至1965年间，他代表耶鲁大学与宋文薰先生代表的台湾大学人类学系进行了一项合作计画，地点包括南部凤鼻头与北部大坌坑遗址，内容除了考古工作外，还邀请了其他自然科学的专家们一同参加研究，这次的学界合作丰富了台湾史前文化的资料，也把许多国外的考古学概念及科学方法引入了台湾。1972至1973年间，张先生有了前次的经验，又进行了另一项多学科合作的调查计画〈台湾省浊水溪与大肚溪流域自然史与文化史科际研究计画〉(简称浊大计画)，该计画由美国出资，中央研究院，台湾大学与耶鲁大学共同合作进行；主要调查地点为自然环境复杂、文化内容丰富的这两大溪流域，参与的学科共有7个，包括考古、民族、地质、地形、土壤、动物和植物，期望以学科间共同研究的方式，理解此区域古今人地关系。
计画停止後，张先生回到美国继续教学，任教的单位则回到了母校哈佛，教授的内容依旧是中国考古，他不仅引导了许多对东亚中国文明有兴趣的学生，自己也出版了不少作品，包括《商文明》、《美术、神话和祭祀:通向古代中国政权之路》、《早期中国文明:人类学展望》《古代中国考古学》等大作。
1994年接下了中研院副院长一职，努力改革院内人文科学与社会科学的研究，之後由於健康因素，辞去了哈佛的教职，在人生最後的几年里，依然维持着各项研究，直到2001年病逝於美国。