药师琉璃光如来有二协侍菩萨，一为日光菩萨，二为月光菩萨; 亦有十二药叉大将，依次为有宫毗罗大将、跋折罗大将、迷企罗大将、 頞你罗大将、末你罗大将、娑你罗大将、因陀罗大将、 婆夷罗大将、薄呼罗大将、真达罗大将、朱社罗大将、毗羯罗大将， 此十二大将各有七千药叉以为眷属。
藏传佛教中，药师佛通指七药师如来。
主尊药师佛，身如蓝色琉璃，左手结定印托钵，钵内满盛治病治甘露， 右手持降三毒之诃子，伸置膝上。 相好圆满，以金刚双跏趺坐在莲花月轮之上。另有善名称吉祥王如来、宝月智严光音自在王如来、金色宝光妙行成就如来、 无忧最胜吉祥如来、法海雷音如来、法海胜慧游戏神通如来。 共称七药师如来。 礼敬供养药师佛，念佛名号，诵其咒语，可消除一切诸病苦之烦恼根源。
还可消灾延寿，减除灾害病苦，免除九横死之灾。
药师佛心咒：
「爹雅他唵别卡子也别卡子也妈哈别卡子也啰炸沙谟嘎德黑梭哈」
(未经上师灌顶口传者不得持诵)