而玉女宫的缘由，相传清代嘉庆年间，以捕鱼为生的林铁公三兄弟，由大陆移居来台，之後定居关渡，成为关渡之林姓始祖。林铁公单生一子，名唤善道，娶同庄之女黄氏为妻，婚後三年未生育，时引为忧。
林家本是虔诚信徒，逢朔望清早林家夫妻沐浴斋戒後，便相偕前往毗邻之关渡宫天上圣母妈祖阶前焚香顶礼，虔诚祈祷，期冀降赐麟儿，传林家香火。不久，其妻黄氏果然有孕，於嘉庆二十五年(1820年)岁次庚辰二月十九日子时，降生一女，名唤玉女，即玉女娘娘。
玉女三岁时荤食及鱼肉不口，吃食即吐，着为素食即安，而远近闻者称奇。五岁时，随母常往关渡宫参拜，尊呼天上圣母为「默娘姐」，在家亦常闭目静坐，口中念念有词，问者即答，默娘姊在传授圣道，邻里老幼皆称誉为神童。
玉女十六岁时，道光十五年（1835年），淡北地方旱魃，河井乾涸，庄众无水饮用，新庄县丞于清瀚，夜梦玉女求雨，随即派人暗查得知，关渡庄玉女神童与梦境相似，使人迎聘至县衙设醮主坛乞雨，果然应验神童之道法，喜获甘霖旱象全消。从此之後，时卜渔泛，时占风雨，无不灵验；关渡庄内渔农受惠不浅。
道光十六年岁次丁酉五月十五日辰时，玉女清早自备香汤沐浴斋戒，焚香禅坐，并嘱其母黄氏将洁身後盆水，屋内外各泼一半。话一说完，刹那间彩云密布，并自她的身後涌出一道虹光，玉女冉冉飞昇而去。然而其母不知玉女嘱咐缘由，担心屋内地湿，将盆水屋外泼多，屋内泼少，之後其後人才体会到，玉女的神蹟是先兴旺外庄後旺庄内的应验。
之後，玉女飞昇的消息传开了，当时地方念其恩德，协议鸠资将其玉体塑装金身，府第修饰成庙宇供民众膜拜奉祀。所以目前位於台北市大度路的玉女宫现址，即为玉女娘娘出生与长大之府第，受命成道後，宅第才改为庙宇。
玉女娘娘的故事可谓妈祖神话的翻版，所以玉女娘娘可说是妈祖的化身。但无论如何，玉女宫建庙至今已有百余年的历史，且历经多次重修及扩建，而今香火依旧相当鼎盛。
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