之後凤山城隍庙曾於咸丰五年（西元1855年），由岁贡生吴春华倡议重修，翌年竣工，知县罗宪章勒碑为记。咸丰九年（西元1859年），又加粉饰，知县马庆钊捐修戏台，亦刻石记其事。两方重修城隍庙碑记，尚竖於庙侧。光绪二十一年（西元1895年），日本据台，凤山城隍庙被日军利用作支应陆军病院，迨其迁出，已残破不堪。至光绪三十四年（西元1908年）才由林静观等发起重修。台湾光复後，直至民国五十六年（西元1967年）才再次重修迄今。
而城隍之名最早见於周易所说的「城复於隍」，原本是指城郭及护城河，後来演变成为城池的守护神，再转变成为掌管阴间司法的神明。所以在民间信仰中，百姓深信知县掌是管阳间事务，而城隍爷则在阴界审理在世时的善恶，裁决百姓功过的神只。因此历代朝廷对城隍都非常崇敬，尤其清朝更是极力崇奉城隍，通令各省、府、厅、县建造城隍庙，并将城隍祭祀列入正式祭典，凡地方官新上任，必须先卜吉日，亲谒各该地的城隍庙举行奉告典礼後视事，每月初一、十五两日，也要到城隍庙进香。而城隍爷的阶级与封建时代行政体制相同，分为县、府、省、京师等级，县城隍尊称为「显佑伯」或「霞海城隍」，府城隍尊称为「灵应侯」，省城隍尊称为「威灵公」。所以除了当时凤山县城有新、旧之别外，也因而产生二座县城隍庙，在台湾是相当罕见的。
目前凤山城隍庙共分前後二殿，前殿主祀凤邑城隍尊神，脇祀七爷八爷（即谢将军、范将军），配祀文武判官，而八角形的天井绘有八仙图案，不仅全台罕见，且极具历史艺术价值；後殿则同祀「东岳天齐仁圣大帝」，并提供行打城拔亡法事的场所。左右二厢，则罗列隶属城隍麾下之廿四司老爷神像。
而凤山城隍庙内有两件专属文物，一是「你来了」木匾、二是「大算盘」。「你来了」示意人生迟早要向城隍爷报到；「大算盘」即是精细算出一生功过与善恶的表徵。此外，庙内还留有当时倡建凤山城隍庙的知县吴兆麟，为了追悼在林爽文事件中於旧城攻陷时殉职的知县汤大奎、典史史谦，特别在城隍庙内监立一座「忠节流芳」石碑。?
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