最初成立重修委员会时，由李梅树的老师－陈炳俊先生任委员会主席，後因病逝，而由李梅树接任主席，当时为民国三十六年一月一日，李梅树主张有计画的整建清水祖师庙，并到全省各地庙宇参观，自己绘制设计图样，并积极寻找优秀的匠师。工程中的一石一木，都需经过他的认可才能制作施工。直到民国七十二年初李教授病逝为止，历三十六年有余。长福岩重建的细致、考究，其成就都是由李梅树所促成。在重建期间，由於施工期的缓慢而招致许多批评，但李教授都坚持其建庙的理想，即为宏扬传统文化、吸引观光客以繁荣地方、以艺术之美善化群众；由於品质的高要求、匠师人才的流失，以及资金的不足，造成工程进度十分缓慢。而自民国七十二年李梅树教授去逝後，工程进度就更难符合原有标准。至今三峡长福岩清水祖师庙仍未完工，後殿和整个二楼部分都还在进行着庞大的重建工程。
清水祖师庙的石雕部分包括了台基、舖面及结构体的柱、壁、楣梁及非结构体的石狮、石鼓、石窗等。石材中除了中殿的点金柱、附点柱及石堵局部和舖面局部为花岗岩外，其他皆使用观音石。长福岩的石雕部分特徵为 「壁体从基座至水车堵为止都是以石材叠成」、「注重线脚及比例」及「石材各部分皆施雕」。
石柱分为柱础、柱身及柱头三部份，当建好基座，置放柱础、柱身、柱头往上叠起，没有固接材料。柱身型式分为双龙柱、单龙柱、花鸟柱及雕有对联的圆柱、墙身中方型的平柱及门柱。双龙柱都是「天翻地覆」形式，施雕达三层，雕刻细致，除龙身外尚配有各种人物带骑的战争场面；双龙柱以中殿中间的「 双龙封剑金光聚仙阵」及边间的「双龙朝三十六关将十八骑」两对为着。单龙柱皆为浮雕式，前殿及中殿的龙头在下，而厢房的龙柱则是龙头在上，是一种很罕见的做法。花鸟柱以浮雕方式展现，其中以中殿次间的「百鸟朝梅柱」，是李梅树教授所创，柱身各盘绕一株老梅，梅树上栖息着姿态各不同的百鸟，而其中亦有外国的鸟类，依李梅树教授的解释是：「梅花是国花，『百鸟朝梅』有万邦来朝之意」。庙内圆柱上除了打磨光滑外，并以篆、隶、草、楷等字体刻上对联。柱头则是采用忍冬叶的雕刻装饰。
石堵丰富而多样，大致可分成四种雕刻法，「内枝外叶法」即透雕法，镂空而多层次的雕法，特别显出画面的丰富和立体感；「水磨沈花法」，加水来磨平石材，使表面显得光滑，再用「阴雕」方式刻上花鸟，也就是使图案「沈」凹下去，只表现明显的线条；「压地隐起法」是属於「浮雕」的一种，把图案之外的空白部份浅浅的凿去一层，使图案隐隐约约的浮现出来，但与边框还是保持同一平面；「剔地起突法」亦属於「浮雕」的一种，是把图案之外的部份「剔」掉，使图案凸显出来。
长福岩的石雕题材不受拘限，除了走兽、花鸟、水族之外，还有狼犬、熊、穿山甲、乌贼、章鱼等。其中又以柱珠雕刻的表现题材最为特殊多变，形态设计巧妙，足见匠师的创意和技巧。
三川门两侧的石狮是李梅树亲自雕制，起因於不满意匠师所雕之石狮，匠师不服，於是李梅树花了两个月的时间加以设计造形，雕出石狮雏形，再交匠师修整。这座石狮气势非凡，特别是有西方美术，和李教授油画所特有的写实风格，不论是鬃、尾线条转折的美感，或是整体动态和空间深度都是特出之作。
清水祖师庙早期石雕是以人力雕凿，费时费工，後来改用气旋式电钻粗雕，细部仍需以人力雕凿，作品才显得生动有力。以较简单的花鸟柱而言，需一、二年才能完成，而中殿的双龙柱有经十数年才雕成。
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