明郑末年，先民渡海来台，辗转到万丹开垦和经商，由於万丹地势高於周边的土地，且与上、下淡水社的平埔族村落接近，因此就在此定居下来，以它做为跟平埔族买卖的地点，之後，此地渐渐形成一个买卖交换物品的小市集。
万丹一词最早出现在康熙23年「台湾府志」上，距今已有三百多年，在康熙35年前，万丹就已成街了，雍正九年更成立万丹县丞署，是凤山县的分县，统治屏东平原。
而「万丹」一语是平埔族的话，古代凤山八大番社「上淡水社」，「下淡水社」及赤山庄的平埔族都住在万丹平原，万丹是马卡道族（平埔族）语，意为市集买卖之地，跟闽南语的「街呢」一样，所以当时上、下淡水社的平埔族人，如果要去这个小市集买卖物品，就说「要去『万丹』」，意思就是要上街去做买卖。
万惠宫肇建於乾隆廿一年九月，公元一七五六年，位於屏东县万丹乡与竹田乡介於东溪、西溪两溪地区，据说是在万丹街内龙舟内的龙肚位置上，古老万丹人认为它可以庇佑万丹人的财富，盈聚钱财，是三十六闽南村落共同信仰的宗教中心。据乾隆廿九年曾有片段记载：「万丹街有一天后宫。」此为万惠宫的前身，且据说：「乾隆初年，天后宫的地方，住有一对从唐山来的补鼎夫妇，有一天晚上，中街地区的住民，看到天后宫的地方，佛光万丈，於是就过来看看，没想到那光芒是这对老夫妇所奉拜的妈祖金身发出的，所以之後就留下供大家膜拜，这是天后宫妈祖的来源。」
万惠宫可说是历史悠久的古庙，至今也有二百多年了，历经地震兵燹而重修多次，尤其是在民国十九年十月，乡绅李南、李开胡父子两人筹募重建万惠宫那次。由於李开胡艺术造诣较深，因而由他负责重建的万惠宫，偏重於艺术文化的价值，如万惠宫两旁的赛台，都是巴洛克式的西洋风建筑，造形相当的优美，它古意盎然，飞檐翘楚的剪粘，都是台南洪顺发大师所砌建的，尤其龙的神韵造形，无人能出其右。
另外值得一提的，就是当时李开胡还礼聘两位风格不同的木雕大师，台北的黄龟理和唐山厦门杨秀兴，分别为庙宇梁柱雕琢彩绘，并在主持雕刻典礼时，用墨斗准绳自庙宇中间划分南北二边，中央挂起白帆布，让黄龟理由北边雕刻，杨秀兴由南边雕刻，彼此互相较劲意味浓厚，双方各凭本领、尽展其艺，将自己最好的作品都雕琢在万丹妈祖庙的庙宇上。
到後来双方对台而不睦，於是便在横楣插角弯界楣上，彼此尽雕刻一些挑衅对方的历史战争典故，如大门口北边的横楣龟理师以许褚战马超，比喻两看谁最神勇，杨秀兴亦不甘示弱，以九曲黄河阵，比喻双方各凭实力显神通。进入三川门南边刻有哼哈二将显神通，比喻有什麽功夫尽量施放过来。北边刻有左慈戏曹，含有戏弄对方之意，进入後殿槽井人物弯弓楣，南边的大雕刻师杨秀兴刻有水淹金山寺比喻对方完了。北边的龟理师雕刻有闻太师行到龙岭，比喻对方也走头无路了。
使得整栋庙宇的横楣插角木雕部份，雕刻戏出热闹非凡，据後来黄龟理大师回忆说：「万惠宫重建时，两边大小师徒各有数十人，常发生口角斗殴。有一天香炉忽然发火，众善信扶乩请示，妈祖告诫：「下午申时，希望主事阻止南北两边雕刻师父互相打架。」由於两边雕刻技师，因长期对立，积压怨气以久，果然当天下午四、五点，互掷雕刻工具，把帆布都割破不堪，人员也受了伤。若非妈祖扶乩预警，及时阻止双方互殴，才使建庙工作得以顺利完竣。」
因此他对万惠宫印象非常深刻，万惠宫落成後，杨秀兴也回到唐山不再到台湾来了。
所以庙口屋檐的吊筒，一边是纹路粗犷有力，人物神韵栩栩如生，一边是精致华美、细腻传神，各有不同的表情风貌，有本土传统的民间故事，也有西装革履、打着领带的洋人，更有裸露上身的西洋女神，在厝角上雕有戅番扛厝角，戅番中有本土番也有西洋番，表情风貌各有不同。
因此万惠宫竣成後，台南以下要盖庙的大师都要到万惠宫来观摩。万惠宫妈祖庙不仅是万丹，而且是全屏东县地区，最有文化艺术价值的庙宇，更是万丹人最引以为傲的艺术殿堂。
只可惜，在最近的这次重修中把原本拥有巴洛克建筑样式的两侧楼房（赛台）给打掉，整个外观变得较富丽堂皇，但没把原有的建筑保留，还好，在庙里面的雕刻艺术有保留下来，这样的雕刻有着不协调，却又完全的相容在同一空间，让这庙有着与众不同艺术价值。
此外万惠宫妈祖显灵的故事，时有所闻，尤其是在民国三十四年（公元1945年）第二次世界大战爆发期间，盟军飞机不断来台空袭轰炸，就在二月二十日上午十一时左右，数枚重达五百公斤左右的炸弹，投掷在人口稠密的万丹街内，幸好引爆者甚少，其中有一枚炸弹落在万惠宫旁边，冲破十一层屋壁，最後落在李同益 先生粗糠间内竖立着而没有引爆，否则後果不堪设想，而当时传言说：美军投下的炸弹，是妈祖显灵化身成美女，用双手去「拿炸弹」，炸弹才没有爆炸，而飞机驶员看呆了，飞机掉进下淡水溪去了。事後乡民到妈祖庙拜拜时，看到道光年间雕刻的妈祖赫身，竟然双手大拇指都断了一小节，食指也受了伤，善男信女请示圣母，扶銮借乩，妈祖降示：「因为空袭，显灵化身「拿炸弹」， 不小心手指才受伤。」由此更加印证妈祖显灵的事蹟。
此事传开後，妈祖显灵的神蹟传播千里，高屏各地善信女，都到万惠宫来顶礼膜拜，香火鼎盛，大家都要一睹万丹妈祖的神采，其未爆炸的炸弹壳，也放在万惠宫庙前供人观瞻。
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