1927年，初代信徒吕子璧与李万府，因病前住台南新楼医院就医，领受耶稣基督的教恩，病情痊癒後，带着信仰回到村内，将福音分享给家人及村民。信徒总是要长途跋涉，横越八掌溪前往盐水教会礼拜；每逢下雨则苦於溪水暴涨。因此，菁寮信徒遂与盐水堂会共同商议，希望能在菁寮本地开设布道所，却因盐水堂人才不足未果。信徒转往向菁寮开业的阮受医师家会商，寻求帮助，最於决定暂租菁寮衙门旁，黄国俐的住宅为聚会所。
1932年，经嘉义中会同意，成为中会直辖的支会，并派出本会第一任传道师兵明妥先生到会领牧。1937年阮受先生奉献教会现址为建堂用地，并於同年完成第一步建堂。1945年，时隔八年之後，教会进行第二次建堂。六年後的1951年升格为堂会。1961年与白河教会共同分设後璧教会，菁寮教会已从撒种步入收成的阶段。1973年，礼拜堂第三次原地重建，即教会圣殿之今貌。1982年创设菁寮幼稚园，除了开拓财源，也能为无暇照顾幼子的村民疏困解压。1991年完成两层钢铁架构的教育馆，作为幼稚园教室。现任（2010）主事为吴秋安牧师，主日礼拜人数约35人。
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