三清宫供奉的三位天尊系道教无极界最高神只：玉清元始大天尊、上清灵宝大天尊、太清道德大天尊。
列仙传曰：「元始天王於大罗天上，在宇宙未分、阴阳混沌之时，为一元气之神化，即天地之精，而化於三清。」三清就是玉清(元始天尊)、上清(灵宝天尊)、太清(道德天尊)。统称：「三清道祖」又称「道经师」，三宝天尊乃取其「三清」故定名「三清宫」。
三清宫创建於民国五十九年（一九七○年），为宏扬道教教义、提倡伦理道德及复兴中华文化，并期望所谓三清，应该是「天清、心清、时清」，从个人修养到社会涵养到国家生养教训，层层推广，以倡办社会教化、推动公益慈善、净化信众心灵为宗旨。由前任县长陈进东先生面谕当时县政府水利课长白土炎策划，配合地方热心人士，筹组三清宫兴建委员会。
於同年八月二十五日举行动土典礼，并在十二月十八日以专案函请中华民国道教会，指定三清宫为「中华民国道教总庙」。民国七十一年元月二十五日(农历正月初一日)三清宝殿工程落成，并安挂宫牌「三清宫」。民国八十一年二月十一日，奉宜兰县政府府民礼字第一二七四六号函准予，三清宫全衔更名为「道教总庙三清宫」，成为台湾唯一的道教总庙。
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