而双慈亭开基历史可以远溯到明郑时期末，相传当时双慈亭地势在「下陂头街」（今凤山市）的最高点，如同锅盖的中心点，为风水所说的鸡母穴，最适合建造以女性为主神的庙，有如母鸡在保护小鸡。於是先民就由普陀山迎奉观音菩萨来台在此建庙，当时称为「观音亭」。该庙至清朝乾隆十八年（西元1753年）才增建前殿，并从泉州请天上圣母妈祖娘娘入祀，正式更名为「双慈亭」。乾隆五十三年（西元1788年）凤山县署从左营迁来下陂头街，之後下陂头街逐渐向四周扩大聚落，成为清代凤山县境内最大的街市。双慈亭之後又历经嘉庆二十三年（西元1818年）、道光八年（西元1828年）、光绪十三年（西元1887年）、民国六十一年（西元1972年）四度重修迄今，虽得以保持新颖的面貌，也因此原貌尽失，未能列为古蹟。
双慈亭庙观为三殿式，前殿供奉天上圣母，後殿主祀观音佛祖，前後两殿以韦驮殿连接在一起。此外，庙内保有多幅极具历史的匾额、对联及石碑，除同治七年（西元1868年）的「风引帆回」匾及同治十一年（西元1872年）的「寰瀛覆冒」匾外，其余都是光绪年间遗下的匾额，如分别在光绪元年（西元1875年）及光绪十五年（西元1889年）所留存的「慈航普渡」匾、光绪七年（西元1881年）的「海天活佛」匾、光绪十二年（西元1887年）的「大德参天」匾、光绪十五年（西元1889年）的「恩重再生」匾等；而前殿悬挂二幅木刻的对联则是嘉庆和道光年间遗留；以及左厢房外壁上还嵌有道光八年（西元1828年）所立的「重修双慈亭」碑和乾隆十八年（西元1753年）的石锣鼓等，都是极具历史保存价值的古物，也证明双慈亭的历史久远。?
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