殿内主祀的「十八王公」，相传为清康熙廿三年(西元一六八四年)，由唐山渡海来台的十八位先民，当时由於船行至西子湾外海，突遇风暴而沉没，众人侥幸脱险，登岸後，合力在当地垦荒安居。後来十八人不幸遭奸人诬陷，被当时凤山县衙误认为叛匪而遭到集体格杀。附近居民因感念其平日任侠尚义、和睦敦邻却惨遭冤杀，便将其遗体殓葬於寿山洞口山上，并合建祠堂奉祀。後遂由南鲲鯓代天府五府千岁奏请玉皇大帝敕封为「十八王公」。
昭和二年(民国十六年)，日据台湾时，日人开凿西子湾隧道，意外频传，日人向该祠堂祭拜後，才使工程平安顺利完工。日後，日人感念其神灵帮助，募资将小祠堂改建为庙宇，并迁往西子湾海滩，供人膜拜。据传先总统蒋公某次驻西子湾行馆时，散步时，曾行经十八王公庙，在得知其事蹟後，属其饱学随从副官查明典籍，命其庙名为「灵兴殿」。
民国六十九年，中山大学复校，该庙适位於校区内，为配合政府政策，「灵兴殿」再度迁建，於民国七十三年九月十三日完工於现址。由於「灵兴殿」左邻前英国领事馆，又位在西子湾打鼓山上，不仅可来此祈求平安，还可俯瞰高雄市及高雄港湾观景，因此常有游客来此膜拜。
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